Le référentiel hydrographique concerne les « éléments hydrographiques de surface, dont les bassins et sous-bassins hydrographiques et les hydro-écorégions ». Il est à ce jour constitué par la BD Carthage créée en 1995, qui fournit la codification des éléments hydrographiques, telle que définie par la circulaire du 12 janvier 2006. Copropriété du ministère chargé de l'environnement, des agences de l'eau et de l'IGN, librement utilisable pour toute application non commerciale, depuis la convention MATE-IGN de 2000, il est mis à jour périodiquement par les agences de l’eau, responsables de la codification hydrographique, et par l’IGN.

Or, de nouveaux besoins liés à la mise en œuvre des politiques publiques, notamment pour la police de l'eau ou le suivi des pressions , ont entrainé la réalisation de référentiels locaux hétérogènes, le déclin d'utilisation de la BD Carthage et par voie de conséquence, la perte de son universalité. L'insatisfaction actuelle tient beaucoup à la méconnaissance de la BD Carthage comme de son processus de mise à jour, à la complexité de son modèle de données et à son manque d'exhaustivité, ainsi qu’à sa non-interopérabilité avec la BD Ortho alors que celle-ci est de plus en plus utilisée. Ce constat a conduit à faire de l'actualisation du référentiel hydrographique national l'action n°7 de mise en œuvre de la mesure RGPP n°154 « relative à la mutualisation de certaines fonctions entre les agences de l’eau et l’Onema », reprise également dans le plan d'actions 2010-2012 du SNDE.

Répondre aux exigences d'évaluation de l'état des eaux introduites par la directive-cadre sur l'eau, pour orienter et suivre l'efficacité des politiques publiques de l'eau.